Tại phiên họp đầu tiên của Quốc hội Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, tổ chức vào ngày 2.3.1946, Ngô Tử Hạ giữ chức Chủ tịch Đại hội đồng Quốc hội, chủ toạ kỳ họp, đọc lời khai mạc và Tuyên ngôn của Quốc hội Việt Nam và được bầu vào Ban thường trực Quốc hội. Trong thời gian đầu xây dựng chính quyền, Ngô Tử Hạ là cố vấn cho Hồ Chí Minh, được tin cậy và hỏi nhiều ý kiến. Khi Hồ Chí Minh hỏi ông chọn ngày làm lễ Tuyên ngôn Độc lập vào ngày nào thì ông đề nghị chọn ngày 2 tháng 9 vì ngày đó là ngày Chủ nhật [2].

Ngô Tử Hạ còn làm cầu nối giữa chủ tịch Hồ Chí Minh với cựu hoàng Bảo Đại. Trong thời gian mở nhà in tại Huế, ông đã quen thân, giao hảo với một số quan lại triều đình và kết giao với hoàng đế Bảo Đại. Chính vì thế khi chuẩn bị cho Bảo Đại thoái vị, Hồ Chí Minh đã chọn ông làm nhà thương thuyết, để sau đó Bảo Đại đồng ý thoái vị và nhận làm cố vấn cho chính phủ của Hồ Chí Minh.. Sau đó ông giữ chức Thứ trưởng Bộ Cựu binh.

Khi Toàn quốc kháng chiến ông tản cư về Ninh Bình, quân Pháp nhảy dù vào Ninh Bình và tìm mọi cách để mua chuộc ông nhằm tìm cách phá hoại cách mạng. Để bảo toàn khí tiết và sự nghiệp cách mạng của nước nhà, ông và gia đình được sự giúp đỡ của Hồ Chủ tịch đã sang định cư ở Thuỵ Sĩ từ năm 1947-1954.